1949년 찰스 프랜시스 버디(Charles Francis Buddy) 신부에 의하여 설립되었습니다. 그 후 여자전문대학, 남자전문대학, 법과대학을 차례로 설립하였고 1972년 3학교를 통합하며 현재의 종합대학의 면모를 갖추게 되었습니다. 맥도널드의 창립자 레이 크록의 아내 조앤 B. 크록을 비롯하여 제니크레이크사, 발명가 도널드 실리, 은행가 버트 데거리 등의 기부로 인해 대학 발전에 획기적 전기를 마련하게 되었습니다.
샌디에이고 대학은 문리대학, 경영대학원, 법학대학원 등 6개의 대학 및 대학원 등으로 구성되어 있습니다. 경제학, 건축학, 생물학, 해양학, 수학, 음악학, 철학, 물리학, 심리학, 사회학, 종교학, 인류학, 재무학, 부동산학 등 다양한 분야에서 40개의 학사학위, 37개의 석박사 프로그램을 제공합니다. 특징으로 대학원 수준의 우등 프로그램(honors program)을 제공하는데 매년 약 300여명의 학생이 참여하고 있습니다. 현재 약 8000여 명의 학생들이 공부하고 있으며 약380여명의 교수가 재직중입니다. 신입생의 약 96%, 학부생의 약 46%가 교내 기숙사에서 생활중입니다.
웨스트 코스트 컨퍼런스와 파이오니아 풋볼 리그의 멤버이기도 한 샌디에이고 대학은 다양한 레크레이션 클럽과 피트니스 클래스를 운영중입니다. 미술, 치어리딩, 무용, 드라마, 신문, 정치, 사회봉사 등 다방면에 관심을 가지고 있는 학생들이 70여개의 동아리를 구성하고 있습니다. 수업 후, 학생들은 근처 해변에서 휴식하거나, 발보아 파크, 박물관, 샌디에고 동물원, 그리고 올드 글로브 극장을 포함하는 전국에서 가장 큰 도시 문화 공원을 탐험해볼 수 있습니다. 카약이나, 윈드 서핑 등을 즐길 수 있는 환경 또한 인접해 있습니다. 신입생들은 캠퍼스 내에 거주해야하며, 학생들을 위해 금요일 밤 영화 시리즈와 나이트 라이브 (Saturday Night Live) 콘서트 시리즈를 개최합니다.
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